草案一審過程中，有意見認為水污染防治應當是全社會共同關注、共同參與的事業，除環境保護主管部門外，其他相關主管部門、基層政府、自治組織和個人都應當承擔起各自的職責和義務。

　　因此，修訂草案在二次審議稿中提出，鄉鎮人民政府、街道辦事處應當確定專職或者兼職的環境保護工作人員。任何單位和個人都有保護和改善水環境的義務，并有權對污染損壞水環境的行為進行檢舉。同時，修訂草案還提出，重慶市各級人民政府及有關主管部門對在水污染防治工作中做出顯著成績的單位和個人要給予表彰和獎勵;對嚴重污染損害水環境的行為進行檢舉的單位和個人，檢舉屬實的，可以給予獎勵。

　　為防止造成水污染或者其他生態破壞，草案還增加了鄉鎮人民政府在農業水源污染防治中的義務。農業等有關主管部門應當使用高效低毒的綠色生態農藥和肥料，限制高殘留農藥的使用;在毗鄰江河、湖泊、水庫的農田，所在地鄉鎮人民政府應當引導發展無公害農業。

　　另外，二次審議稿加強了對工業園區內部水污染防治的管理，并對工業園區規劃建設污染物集中處理設施做出強制性規定。修訂草案明確，未同步規劃并建設污染治理設施及污染物收集系統的工業園區，不得新建有污染物排放的工業項目